在更换为其他流动相体系之前，务必确保流动相的兼容性。请用至少10倍柱体积的流动相平衡色谱柱（色谱柱体积请参见表1）。
当色谱柱达到恒定背压时，可认为该柱已达到热力学平衡。
表1.不同规格色谱柱柱体积(mL)（乘以 10得到冲洗色谱柱所用的流动相体积）
为了避免流动相缓冲盐在色谱柱或系统中发生析出，请使用5倍柱体积的水/有机溶剂混合溶液冲洗色谱柱，其中有机溶剂比例应与所需缓冲盐流动相中的有机溶剂比例相同或更低。（例如，引入60%甲醇/40%缓冲盐流动相之前，应使用60%甲醇水溶液冲洗色谱柱和系统。）
对于采用BEH HILIC填料的色谱柱，用50倍柱体积的50:50乙腈:水溶液（含最终浓度为10 mM的缓冲盐）进行冲洗。对于采用BEH Amide填料的色谱柱，用50倍柱体积的60:40乙腈:水溶液进行冲洗。进第一针样品前，用20倍柱体积的流动相（初始条件）平衡色谱柱（色谱柱体积请参见表1）。请参阅“BEH HILIC色谱柱入门"或“础尘颈诲别色谱柱入门"获取详细信息。
